2009年组织工作的指导思想是认真贯彻党的十七大、十七届三中全会和全国组织工作会议精神，以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，深入贯彻落实科学发展观，围绕学校的中心工作，认真组织实施“深入学习实践科学发展观”活动，以改革创新的精神进一步加强干部队伍建设、基层党组织建设、基层党政领导班子建设和组织部门自身建设。科学发展，重点突破，把学校党的建设各项工作提高到新的水平，为学校的发展提供组织保证和人才支持。
（一）贯彻中央精神，扎实有序组织实施“深入学习实践科学发展观”活动
1.组织实施全校“深入学习实践科学发展观”活动
按照中央和市委统一部署和要求，制定全校“学习调研、分析检查、整改落实”三个阶段的具体实施方案，把学习实践活动与推进当前各项工作结合起来，着力解决影响和制约学校科学发展的突出问题，着力构建有利于学校科学发展的体制机制，做到两手抓、两不误、两促进。在学习实践活动中起到组织、协调、总结的作用。
2. 坚持实事求是，将学习实践活动和组织部工作密切结合起来
在学习实践活动中，开展组织、干部工作的调查研究，广泛听取意见，对发现的问题进行分析检查，结合学校党的工作的实际，提出改进方案和措施，进一步树立大局意识和服务意识，以创新精神全面促进全校的党员干部队伍建设和组织工作的新局面。
（二）坚持干部选拔任用和教育培养相结合，加强干部队伍建设
1.做好党政职能部处领导班子换届工作
完成党政职能部处领导班子换届工作。严格按照中央《党政领导干部选拔任用工作条例》和同济大学《党政领导干部选拔任用工作办法》规定，选拔任用德才兼备的干部，加强党政中层领导干部队伍建设。
2.建立健全后备干部的选拔和培养计划
按照上级部门和学校党委的要求，根据《同济大学处级后备干部队伍建设实施办法》，从基层开始，自下而上地调整全校后备干部人选，同时进一步修订完善后备干部选拔和培养工作制度，拓展培养渠道，积极做好青年后备干部的交流、挂职锻炼工作，促进后备干部在实践中锻炼成长。
3.有针对性地开展党员干部培训工作，增强培训的实效性
结合“深入学习实践科学发展观”活动，进一步挖掘各方面资源，充分发挥党校的作用，完善干部培训机制和教学形式，做好调研，结合学校党员干部工作的实际和需要，设定党员干部培训主题和内容，以达到党员干部提高素养、开阔眼界、解决问题，促进工作的目的。
（三）进一步推进基层党的建设，发挥基层党组织核心作用
1.开展基层党组织评优，鼓励先进，树立优秀典型，
结合“深入学习实践科学发展观”活动和过去两年基层党建工作，开展基层党组织评优，评选深入学习实践活动卓有成效、工作状态优秀、服务群众、凝聚人心、促进和谐的先进基层党组织、先进党务工作者和优秀党员并进行表彰。
2.夯实基础，抓好各基层党组织的各项日常工作
（1）继续抓好保持党员先进性的经常性工作。进一步加强基层党组织的建设，积极探索基层党组织新的组织形式和活动方式，增强基层党组织的活力。
（2）紧密联系学校实际，积极探索进一步推进党内民主建设的方法；抓好建立和完善基层党组织互帮互助和党内激励、关怀、帮扶工作；抓好党员联系、服务群众工作，进一步增强党组织的凝聚力、战斗力。
（3）以建设素质优秀、结构合理、规模适度的党员队伍为目标，努力做好党员发展工作，继续积极稳妥地在大学生和青年教师中重点发展党员，进一步规范程序，严格手续，做好基础工作，保证发展党员工作的质量。
（4）完善党员、干部管理信息系统建设，运用现代信息技术手段提升学校组织干部工作的管理水平和工作效率。
（5）继续加强组织人事员队伍的建设，进一步明确组织人事员的岗位职责，不断提高组织人事员的综合素质和工作能力。
3.重点加强学生党建工作指导
与研工部、学工部、校团委合作，加强学生党建工作指导，进一步整合现有各项资源，形成学校学生党建工作的统一平台，努力实现各部门、各基层学院学生党建资源的共享。
（四）以制度建设为抓手，加强基层单位党政领导班子建设
在《同济大学学院党政领导工作条例（试行）》基础上，通过开展基层学院规范化管理机制研究，对各大学院党政领导的实际工作进行调研，选择典型学院，设立试点，制定和完善学院党政领导工作有关细则，积极推进加强校院二级管理的试行工作，以促进基层单位党政领导班子提高其科学管理能力和管理水平。
（五）“讲党性、重品行、作表率”，继续加强组织部门自身建设
1.以信息化建设为契机，全面提升科学化管理水平
继续推进信息化建设，开发完成“组织工作信息系统”，并投入试行。在信息化建设和使用过程中不断改进工作办法，规范管理方式，提高科学化管理水平。
2.对现有组织工作的规章制度进行修订和完善
根据实际工作需要，重新修订和完善部分组织工作规章制度。
3. 按照“讲党性、重品行、作表率”要求，继续加强组织部部风建设
继续开展“敬业、公正、严谨、创新、友爱”的部风建设，不断促进组织部门整体素质和管理水平的提高。
4．加强党建研究，努力提高研究水平与质量
结合“深入学习实践科学发展观”活动，开展党建主题研究，鼓励各级党组织深入学习党建理论，探索新时期高校党建工作新思路、新方法，充实完善高校党建理论，提高总体研究能力。组织申报党建研究课题，汇编党建研究论文及成果集。